source: trunk/jobmond/jobmond.py @ 347

Last change on this file since 347 was 347, checked in by bastiaans, 15 years ago

jobmond/jobmond.py:

  • some SGE code fixes
  • Property svn:keywords set to Id
File size: 18.6 KB
Line 
1#!/usr/bin/env python
2#
3# This file is part of Jobmonarch
4#
5# Copyright (C) 2006  Ramon Bastiaans
6#
7# Jobmonarch is free software; you can redistribute it and/or modify
8# it under the terms of the GNU General Public License as published by
9# the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
10# (at your option) any later version.
11#
12# Jobmonarch is distributed in the hope that it will be useful,
13# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
14# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
15# GNU General Public License for more details.
16#
17# You should have received a copy of the GNU General Public License
18# along with this program; if not, write to the Free Software
19# Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
20#
21# SVN $Id: jobmond.py 347 2007-04-27 09:32:39Z bastiaans $
22#
23
24import sys, getopt, ConfigParser
25
26import xml, xml.sax
27from xml.sax import saxutils, make_parser
28from xml.sax import make_parser
29from xml.sax.handler import feature_namespaces
30
31def usage():
32
33        print
34        print 'usage: jobmond [options]'
35        print 'options:'
36        print '      --config, -c      configuration file'
37        print '      --pidfile, -p     pid file'
38        print '      --help, -h        help'
39        print
40
41
42def processArgs( args ):
43
44        SHORT_L = 'c:'
45        LONG_L = 'config='
46
47        global PIDFILE
48        PIDFILE = None
49        config_filename = '/etc/jobmond.conf'
50
51        try:
52
53                opts, args = getopt.getopt( args, SHORT_L, LONG_L )
54
55        except getopt.GetoptError, detail:
56
57                print detail
58                usage()
59                sys.exit(1)
60
61        for opt, value in opts:
62
63                if opt in [ '--config', '-c' ]:
64               
65                        config_filename = value
66
67                if opt in [ '--pidfile', '-p' ]:
68
69                        PIDFILE = value
70               
71                if opt in [ '--help', '-h' ]:
72 
73                        usage()
74                        sys.exit(1)
75
76        return loadConfig( config_filename )
77
78def loadConfig( filename ):
79
80        def getlist( cfg_string ):
81
82                my_list = [ ]
83
84                for item_txt in cfg_string.split( ',' ):
85
86                        sep_char = None
87
88                        item_txt = item_txt.strip()
89
90                        for s_char in [ "'", '"' ]:
91
92                                if item_txt.find( s_char ) != -1:
93
94                                        if item_txt.count( s_char ) != 2:
95
96                                                print 'Missing quote: %s' %item_txt
97                                                sys.exit( 1 )
98
99                                        else:
100
101                                                sep_char = s_char
102                                                break
103
104                        if sep_char:
105
106                                item_txt = item_txt.split( sep_char )[1]
107
108                        my_list.append( item_txt )
109
110                return my_list
111
112        cfg = ConfigParser.ConfigParser()
113
114        cfg.read( filename )
115
116        global DEBUG_LEVEL, DAEMONIZE, BATCH_SERVER, BATCH_POLL_INTERVAL, GMOND_CONF, DETECT_TIME_DIFFS, BATCH_HOST_TRANSLATE, BATCH_API, QUEUE
117
118        DEBUG_LEVEL = cfg.getint( 'DEFAULT', 'DEBUG_LEVEL' )
119
120        DAEMONIZE = cfg.getboolean( 'DEFAULT', 'DAEMONIZE' )
121
122        try:
123
124                BATCH_SERVER = cfg.get( 'DEFAULT', 'BATCH_SERVER' )
125
126        except ConfigParser.NoOptionError:
127
128                # Backwards compatibility for old configs
129                #
130
131                BATCH_SERVER = cfg.get( 'DEFAULT', 'TORQUE_SERVER' )
132                api_guess = 'pbs'
133       
134        try:
135       
136                BATCH_POLL_INTERVAL = cfg.getint( 'DEFAULT', 'BATCH_POLL_INTERVAL' )
137
138        except ConfigParser.NoOptionError:
139
140                # Backwards compatibility for old configs
141                #
142
143                BATCH_POLL_INTERVAL = cfg.getint( 'DEFAULT', 'TORQUE_POLL_INTERVAL' )
144                api_guess = 'pbs'
145               
146        GMOND_CONF = cfg.get( 'DEFAULT', 'GMOND_CONF' )
147
148        DETECT_TIME_DIFFS = cfg.getboolean( 'DEFAULT', 'DETECT_TIME_DIFFS' )
149
150        BATCH_HOST_TRANSLATE = getlist( cfg.get( 'DEFAULT', 'BATCH_HOST_TRANSLATE' ) )
151
152        try:
153
154                BATCH_API = cfg.get( 'DEFAULT', 'BATCH_API' )
155
156        except ConfigParser.NoOptionError, detail:
157
158                if BATCH_SERVER and api_guess:
159                        BATCH_API = api_guess
160                else:
161                        debug_msg( 0, "fatal error: BATCH_API not set and can't make guess" )
162                        sys.exit( 1 )
163
164        try:
165
166                QUEUE = getlist( cfg.get( 'DEFAULT', 'QUEUE' ) )
167
168        except ConfigParser.NoOptionError, detail:
169
170                QUEUE = None
171       
172        return True
173
174
175import time, os, socket, string, re
176
177METRIC_MAX_VAL_LEN = 900
178
179class DataProcessor:
180        """Class for processing of data"""
181
182        binary = '/usr/bin/gmetric'
183
184        def __init__( self, binary=None ):
185                """Remember alternate binary location if supplied"""
186
187                if binary:
188                        self.binary = binary
189
190                # Timeout for XML
191                #
192                # From ganglia's documentation:
193                #
194                # 'A metric will be deleted DMAX seconds after it is received, and
195                # DMAX=0 means eternal life.'
196
197                self.dmax = str( int( int( BATCH_POLL_INTERVAL ) * 2 ) )
198
199                try:
200                        gmond_file = GMOND_CONF
201
202                except NameError:
203                        gmond_file = '/etc/gmond.conf'
204
205                if not os.path.exists( gmond_file ):
206                        debug_msg( 0, gmond_file + ' does not exist' )
207                        sys.exit( 1 )
208
209                incompatible = self.checkGmetricVersion()
210
211                if incompatible:
212                        debug_msg( 0, 'Gmetric version not compatible, pls upgrade to at least 3.0.1' )
213                        sys.exit( 1 )
214
215        def checkGmetricVersion( self ):
216                """
217                Check version of gmetric is at least 3.0.1
218                for the syntax we use
219                """
220
221                global METRIC_MAX_VAL_LEN
222
223                incompatible    = 0
224
225                for line in os.popen( self.binary + ' --version' ).readlines():
226
227                        line = line.split( ' ' )
228
229                        if len( line ) == 2 and str(line).find( 'gmetric' ) != -1:
230                       
231                                gmetric_version = line[1].split( '\n' )[0]
232
233                                version_major = int( gmetric_version.split( '.' )[0] )
234                                version_minor = int( gmetric_version.split( '.' )[1] )
235                                version_patch = int( gmetric_version.split( '.' )[2] )
236
237                                incompatible = 0
238
239                                if version_major < 3:
240
241                                        incompatible = 1
242                               
243                                elif version_major == 3:
244
245                                        if version_minor == 0:
246
247                                                if version_patch < 1:
248                                               
249                                                        incompatible = 1
250
251                                                if version_patch < 3:
252
253                                                        METRIC_MAX_VAL_LEN = 900
254
255                                                elif version_patch >= 3:
256
257                                                        METRIC_MAX_VAL_LEN = 1400
258
259                return incompatible
260
261        def multicastGmetric( self, metricname, metricval, valtype='string' ):
262                """Call gmetric binary and multicast"""
263
264                cmd = self.binary
265
266                try:
267                        cmd = cmd + ' -c' + GMOND_CONF
268                except NameError:
269                        debug_msg( 10, 'Assuming /etc/gmond.conf for gmetric cmd (ommitting)' )
270
271                cmd = cmd + ' -n' + str( metricname )+ ' -v"' + str( metricval )+ '" -t' + str( valtype ) + ' -d' + str( self.dmax )
272
273                debug_msg( 10, printTime() + ' ' + cmd )
274                os.system( cmd )
275
276class DataGatherer:
277
278        """Skeleton class for batch system DataGatherer"""
279
280        def printJobs( self, jobs ):
281                """Print a jobinfo overview"""
282
283                for name, attrs in self.jobs.items():
284
285                        print 'job %s' %(name)
286
287                        for name, val in attrs.items():
288
289                                print '\t%s = %s' %( name, val )
290
291        def printJob( self, jobs, job_id ):
292                """Print job with job_id from jobs"""
293
294                print 'job %s' %(job_id)
295
296                for name, val in jobs[ job_id ].items():
297
298                        print '\t%s = %s' %( name, val )
299
300        def daemon( self ):
301                """Run as daemon forever"""
302
303                # Fork the first child
304                #
305                pid = os.fork()
306                if pid > 0:
307                        sys.exit(0)  # end parent
308
309                # creates a session and sets the process group ID
310                #
311                os.setsid()
312
313                # Fork the second child
314                #
315                pid = os.fork()
316                if pid > 0:
317                        sys.exit(0)  # end parent
318
319                write_pidfile()
320
321                # Go to the root directory and set the umask
322                #
323                os.chdir('/')
324                os.umask(0)
325
326                sys.stdin.close()
327                sys.stdout.close()
328                sys.stderr.close()
329
330                os.open('/dev/null', os.O_RDWR)
331                os.dup2(0, 1)
332                os.dup2(0, 2)
333
334                self.run()
335
336        def run( self ):
337                """Main thread"""
338
339                while ( 1 ):
340               
341                        self.jobs = self.getJobData( self.jobs )
342                        self.submitJobData( self.jobs )
343                        time.sleep( BATCH_POLL_INTERVAL )       
344
345class SgeQstatXMLParser(xml.sax.handler.ContentHandler):
346
347        """Babu Sundaram's experimental SGE qstat XML parser"""
348
349        def __init__(self, qstatinxml):
350
351                self.qstatfile = qstatinxml
352                self.attribs = {}
353                self.value = ''
354                self.jobID = ''
355                self.currentJobInfo = ''
356                self.job_list = []
357                self.EOFFlag = 0
358                self.jobinfoCount = 0
359
360
361        def startElement(self, name, attrs):
362
363                if name == 'job_list':
364                        self.currentJobInfo = 'Status=' + attrs.get('state', None) + ' '
365                elif name == 'job_info':
366                        self.job_list = []
367                        self.jobinfoCount += 1
368
369        def characters(self, ch):
370
371                self.value = self.value + ch
372
373        def endElement(self, name):
374
375                if len(self.value.strip()) > 0 :
376
377                        self.currentJobInfo += name + '=' + self.value.strip() + ' '         
378                elif name != 'job_list':
379
380                        self.currentJobInfo += name + '=Unknown '
381
382                if name == 'JB_job_number':
383
384                        self.jobID = self.value.strip()
385                        self.job_list.append(self.jobID)         
386
387                if name == 'job_list':
388
389                        if self.attribs.has_key(self.jobID) == False:
390                                self.attribs[self.jobID] = self.currentJobInfo
391                        elif self.attribs.has_key(self.jobID) and self.attribs[self.jobID] != self.currentJobInfo:
392                                self.attribs[self.jobID] = self.currentJobInfo
393                        self.currentJobInfo = ''
394                        self.jobID = ''
395
396                elif name == 'job_info' and self.jobinfoCount == 2:
397
398                        deljobs = []
399                        for id in self.attribs:
400                                try:
401                                        self.job_list.index(str(id))
402                                except ValueError:
403                                        deljobs.append(id)
404                        for i in deljobs:
405                                del self.attribs[i]
406                        deljobs = []
407                        self.jobinfoCount = 0
408
409                self.value = ''
410
411class SgeDataGatherer(DataGatherer):
412
413        jobs = { }
414        SGE_QSTAT_XML_FILE      = '/tmp/.jobmonarch.sge.qstat'
415
416        def __init__( self ):
417                """Setup appropriate variables"""
418
419                self.jobs = { }
420                self.timeoffset = 0
421                self.dp = DataProcessor()
422                self.initSgeJobInfo()
423
424        def initSgeJobInfo( self ):
425                """This is outside the scope of DRMAA; Get the current jobs in SGE"""
426                """This is a hack because we cant get info about jobs beyond"""
427                """those in the current DRMAA session"""
428
429                self.qstatparser = SgeQstatXMLParser( self.SGE_QSTAT_XML_FILE )
430
431                # Obtain the qstat information from SGE in XML format
432                # This would change to DRMAA-specific calls from 6.0u9
433
434        def getJobData(self):
435                """Gather all data on current jobs in SGE"""
436
437                # Get the information about the current jobs in the SGE queue
438                info = os.popen("qstat -ext -xml").readlines()
439                f = open(self.SGE_QSTAT_XML_FILE,'w')
440                for lines in info:
441                        f.write(lines)
442                f.close()
443
444                # Parse the input
445                f = open(self.qstatparser.qstatfile, 'r')
446                xml.sax.parse(f, self.qstatparser)
447                f.close()
448
449                self.cur_time = time.time()
450
451                return self.qstatparser.attribs
452
453        def submitJobData(self):
454                """Submit job info list"""
455
456                self.dp.multicastGmetric( 'MONARCH-HEARTBEAT', str( int( int( self.cur_time ) + int( self.timeoffset ) ) ) )
457                # Now let's spread the knowledge
458                #
459                metric_increment = 0
460                for jobid, jobattrs in self.qstatparser.attribs.items():
461
462                        self.dp.multicastGmetric( 'MONARCH-JOB-' + jobid + '-' + str(metric_increment), jobattrs)
463
464class PbsDataGatherer(DataGatherer):
465
466        """This is the DataGatherer for PBS and Torque"""
467
468        global PBSQuery
469
470        def __init__( self ):
471                """Setup appropriate variables"""
472
473                self.jobs = { }
474                self.timeoffset = 0
475                self.dp = DataProcessor()
476                self.initPbsQuery()
477
478        def initPbsQuery( self ):
479
480                self.pq = None
481                if( BATCH_SERVER ):
482                        self.pq = PBSQuery( BATCH_SERVER )
483                else:
484                        self.pq = PBSQuery()
485
486        def getAttr( self, attrs, name ):
487                """Return certain attribute from dictionary, if exists"""
488
489                if attrs.has_key( name ):
490                        return attrs[name]
491                else:
492                        return ''
493
494        def jobDataChanged( self, jobs, job_id, attrs ):
495                """Check if job with attrs and job_id in jobs has changed"""
496
497                if jobs.has_key( job_id ):
498                        oldData = jobs[ job_id ]       
499                else:
500                        return 1
501
502                for name, val in attrs.items():
503
504                        if oldData.has_key( name ):
505
506                                if oldData[ name ] != attrs[ name ]:
507
508                                        return 1
509
510                        else:
511                                return 1
512
513                return 0
514
515        def getJobData( self, known_jobs ):
516                """Gather all data on current jobs in Torque"""
517
518                if len( known_jobs ) > 0:
519                        jobs = known_jobs
520                else:
521                        jobs = { }
522
523                #self.initPbsQuery()
524       
525                #print self.pq.getnodes()
526       
527                joblist = {}
528                while len(joblist) == 0:
529                        try:
530                                joblist = self.pq.getjobs()
531                        except PBSError:
532                                time.sleep( TORQUE_POLL_INTERVAL )
533
534                self.cur_time = time.time()
535
536                jobs_processed = [ ]
537
538                #self.printJobs( joblist )
539
540                for name, attrs in joblist.items():
541
542                        job_id = name.split( '.' )[0]
543
544                        jobs_processed.append( job_id )
545
546                        name = self.getAttr( attrs, 'Job_Name' )
547                        queue = self.getAttr( attrs, 'queue' )
548
549                        if QUEUE:
550
551                                if QUEUE != queue:
552
553                                        continue
554
555                        owner = self.getAttr( attrs, 'Job_Owner' ).split( '@' )[0]
556                        requested_time = self.getAttr( attrs, 'Resource_List.walltime' )
557                        requested_memory = self.getAttr( attrs, 'Resource_List.mem' )
558
559                        mynoderequest = self.getAttr( attrs, 'Resource_List.nodes' )
560
561                        ppn = ''
562
563                        if mynoderequest.find( ':' ) != -1 and mynoderequest.find( 'ppn' ) != -1:
564
565                                mynoderequest_fields = mynoderequest.split( ':' )
566
567                                for mynoderequest_field in mynoderequest_fields:
568
569                                        if mynoderequest_field.find( 'ppn' ) != -1:
570
571                                                ppn = mynoderequest_field.split( 'ppn=' )[1]
572
573                        status = self.getAttr( attrs, 'job_state' )
574
575                        queued_timestamp = self.getAttr( attrs, 'ctime' )
576
577                        if status == 'R':
578                                start_timestamp = self.getAttr( attrs, 'mtime' )
579                                nodes = self.getAttr( attrs, 'exec_host' ).split( '+' )
580
581                                nodeslist = [ ]
582
583                                for node in nodes:
584                                        host = node.split( '/' )[0]
585
586                                        if nodeslist.count( host ) == 0:
587
588                                                for translate_pattern in BATCH_HOST_TRANSLATE:
589
590                                                        if translate_pattern.find( '/' ) != -1:
591
592                                                                translate_orig = translate_pattern.split( '/' )[1]
593                                                                translate_new = translate_pattern.split( '/' )[2]
594
595                                                                host = re.sub( translate_orig, translate_new, host )
596                               
597                                                if not host in nodeslist:
598                               
599                                                        nodeslist.append( host )
600
601                                if DETECT_TIME_DIFFS:
602
603                                        # If a job start if later than our current date,
604                                        # that must mean the Torque server's time is later
605                                        # than our local time.
606                               
607                                        if int(start_timestamp) > int( int(self.cur_time) + int(self.timeoffset) ):
608
609                                                self.timeoffset = int( int(start_timestamp) - int(self.cur_time) )
610
611                        elif status == 'Q':
612                                start_timestamp = ''
613                                count_mynodes = 0
614                                numeric_node = 1
615
616                                for node in mynoderequest.split( '+' ):
617
618                                        nodepart = node.split( ':' )[0]
619
620                                        for letter in nodepart:
621
622                                                if letter not in string.digits:
623
624                                                        numeric_node = 0
625
626                                        if not numeric_node:
627                                                count_mynodes = count_mynodes + 1
628                                        else:
629                                                try:
630                                                        count_mynodes = count_mynodes + int( nodepart )
631                                                except ValueError, detail:
632                                                        debug_msg( 10, str( detail ) )
633                                                        debug_msg( 10, "Encountered weird node in Resources_List?!" )
634                                                        debug_msg( 10, 'nodepart = ' + str( nodepart ) )
635                                                        debug_msg( 10, 'job = ' + str( name ) )
636                                                        debug_msg( 10, 'attrs = ' + str( attrs ) )
637                                               
638                                nodeslist = str( count_mynodes )
639                        else:
640                                start_timestamp = ''
641                                nodeslist = ''
642
643                        myAttrs = { }
644                        myAttrs['name'] = str( name )
645                        myAttrs['queue'] = str( queue )
646                        myAttrs['owner'] = str( owner )
647                        myAttrs['requested_time'] = str( requested_time )
648                        myAttrs['requested_memory'] = str( requested_memory )
649                        myAttrs['ppn'] = str( ppn )
650                        myAttrs['status'] = str( status )
651                        myAttrs['start_timestamp'] = str( start_timestamp )
652                        myAttrs['queued_timestamp'] = str( queued_timestamp )
653                        myAttrs['reported'] = str( int( int( self.cur_time ) + int( self.timeoffset ) ) )
654                        myAttrs['nodes'] = nodeslist
655                        myAttrs['domain'] = string.join( socket.getfqdn().split( '.' )[1:], '.' )
656                        myAttrs['poll_interval'] = str( BATCH_POLL_INTERVAL )
657
658                        if self.jobDataChanged( jobs, job_id, myAttrs ) and myAttrs['status'] in [ 'R', 'Q' ]:
659                                jobs[ job_id ] = myAttrs
660
661                                #debug_msg( 10, printTime() + ' job %s state changed' %(job_id) )
662
663                for id, attrs in jobs.items():
664
665                        if id not in jobs_processed:
666
667                                # This one isn't there anymore; toedeledoki!
668                                #
669                                del jobs[ id ]
670
671                return jobs
672
673        def submitJobData( self, jobs ):
674                """Submit job info list"""
675
676                self.dp.multicastGmetric( 'MONARCH-HEARTBEAT', str( int( int( self.cur_time ) + int( self.timeoffset ) ) ) )
677
678                # Now let's spread the knowledge
679                #
680                for jobid, jobattrs in jobs.items():
681
682                        gmetric_val = self.compileGmetricVal( jobid, jobattrs )
683
684                        metric_increment = 0
685
686                        for val in gmetric_val:
687                                self.dp.multicastGmetric( 'MONARCH-JOB-' + jobid + '-' + str(metric_increment), val )
688                                metric_increment = metric_increment + 1
689
690        def compileGmetricVal( self, jobid, jobattrs ):
691                """Create a val string for gmetric of jobinfo"""
692
693                gval_lists = [ ]
694
695                mystr = None
696
697                val_list = { }
698
699                for val_name, val_value in jobattrs.items():
700
701                        val_list_names_len      = len( string.join( val_list.keys() ) ) + len(val_list.keys())
702                        val_list_vals_len       = len( string.join( val_list.values() ) ) + len(val_list.values())
703
704                        if val_name == 'nodes' and jobattrs['status'] == 'R':
705
706                                node_str = None
707
708                                for node in val_value:
709
710                                        if node_str:
711                                                node_str = node_str + ';' + node
712                                        else:
713                                                node_str = node
714
715                                        if (val_list_names_len + len(val_name) ) + (val_list_vals_len + len(node_str) ) > METRIC_MAX_VAL_LEN:
716
717                                                val_list[ val_name ] = node_str
718                                                gval_lists.append( val_list )
719                                                val_list = { }
720                                                node_str = None
721
722                                val_list[ val_name ] = node_str
723                                gval_lists.append( val_list )
724                                val_list = { }
725
726                        elif val_value != '':
727
728                                if (val_list_names_len + len(val_name) ) + (val_list_vals_len + len(str(val_value)) ) > METRIC_MAX_VAL_LEN:
729
730                                        gval_lists.append( val_list )
731                                        val_list = { }
732
733                                val_list[ val_name ] = val_value
734
735                if len(val_list) > 0:
736                        gval_lists.append( val_list )
737
738                str_list = [ ]
739
740                for val_list in gval_lists:
741
742                        my_val_str = None
743
744                        for val_name, val_value in val_list.items():
745
746                                if my_val_str:
747
748                                        my_val_str = my_val_str + ' ' + val_name + '=' + val_value
749                                else:
750                                        my_val_str = val_name + '=' + val_value
751
752                        str_list.append( my_val_str )
753
754                return str_list
755
756def printTime( ):
757        """Print current time/date in human readable format for log/debug"""
758
759        return time.strftime("%a, %d %b %Y %H:%M:%S")
760
761def debug_msg( level, msg ):
762        """Print msg if at or above current debug level"""
763
764        if (DEBUG_LEVEL >= level):
765                        sys.stderr.write( msg + '\n' )
766
767def write_pidfile():
768
769        # Write pidfile if PIDFILE exists
770        if PIDFILE:
771                pid = os.getpid()
772
773                pidfile = open(PIDFILE, 'w')
774                pidfile.write(str(pid))
775                pidfile.close()
776
777def main():
778        """Application start"""
779
780        global PBSQuery
781
782        if not processArgs( sys.argv[1:] ):
783                sys.exit( 1 )
784
785        if BATCH_API == 'pbs':
786
787                try:
788                        from PBSQuery import PBSQuery, PBSError
789
790                except ImportError:
791
792                        debug_msg( 0, "fatal error: BATCH_API set to 'pbs' but python module 'pbs_python' is not installed" )
793                        sys.exit( 1 )
794
795                gather = PbsDataGatherer()
796
797        elif BATCH_API == 'sge':
798
799                gather = SgeDataGatherer()
800
801        else:
802                debug_msg( 0, "fatal error: unknown BATCH_API '" + BATCH_API + "' is not supported" )
803                sys.exit( 1 )
804
805        if DAEMONIZE:
806                gather.daemon()
807        else:
808                gather.run()
809
810# wh00t? someone started me! :)
811#
812if __name__ == '__main__':
813        main()
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.